南京航空航天大学民航学院于1993年9月28日由中国民航总局和中国航空工业总公司共同创建成立。中共中央政治局常委、国务院副总理李岚清同志为学院题词，并勉励"为发展民航事业培养优秀人才而努力奋斗"。
学院在两部委和校党委的领导下，在董事会的指导与监督下，依托“211”全国重点高校南航大的雄厚师资力量和多学科坚实基础，依靠国内外民航界大力支持，坚持校企联合与国际联合的办学方针，建成了具有“交通运输工程”一级学科博士学位授权点和博士后流动站，博士、硕士、学士完整的人才培养和学科体系，学历教育与在职培训相结合的多层次办学格局，覆盖了民航所需的主要专业。2003年9月28日，民航总局杨元元局长、杨国庆副局长、江苏省吴瑞林副省长等领导出席了民航学院院庆十周年庆典大会，对民航学院的发展给予了充分肯定和高度评价，并表示将继续给予大力支持。民航学院实行董事会管理制，对民航学院的教学和科研进行指导与监督。董事会由中国民航总局人教司、航空公司、机场和空管局等30多家民航企事业单位组成。
民航学院以“民航精英、执政骨干、民众表率”为人才培养目标，建院以来向民航系统输送各类专业人才3000多名，现有在校生1600余人，已成为我国民航事业高层次人才的培养基地。学院现有一个一级学科“交通运输工程”博士学位授权点和博士后流动站，四个二级学科博士点（交通信息工程及控制，交通运输规划与管理，载运工具运用工程和道路与铁道工程），五个硕士点（交通信息工程及控制，交通运输规划与管理，载运工具运用工程，道路与铁道工程和安全工程与技术），三个专业硕士学位授权点（AMBA，交通运输工程和航空工程）。
学院设有四个行政系：民航工程系、空中交通系、运输管理系和飞行技术系；四个研究所：航空安全与保障技术研究所、空中交通管理研究所、交通信息工程研究所、民航软科学研究所；一个民航总局重点科研基地：“民航机务维修工程科研基地”、一个工程中心:“飞机可靠性与可维护性工程研究中心”；一个用于本科专业实习的民航工程中心（内建五大专业实验室）；另有一个民航在职人员培训中心。
民航学院以“学术强院”为指导，以“为民航服务”为己任，依托南航大的整体力量，积极开展各项科研工作。建院以来，先后承担和完成了“九五”和“十五”“211” 项目四项，针对民航安全、空管、航空运输规划与管理、民航信息化建设等的国家省部级课题20余项，与民航企业合作课题40余项，获得国家省部级科技进步奖20多项，发表核心期刊学术论文500多篇，科研经费逐年递增，成为我国民航科技进步的重要科研基地之一。
为适应我国从“民航大国”向“民航强国”的发展趋势，学院广泛开展校内外联合科研攻关。目前主要研究方向有：空中交通流量管理、空域规划、空中交通系统安全与效能分析、机场管理与信息化、航线经济与航班优化、航空运输收益管理、航空物流、航空运输经济地理信息管理、发动机检测诊断与风险评估、维修决策理论与数字化实现技术、载运工具运行品质研究与模拟、载运工具运行自动化与控制、飞行模拟器、飞机健康及运行安全实时监控、交通管理控制一体化理论及实现技术、民航安全工程与适航技术等。
根据我国民航人才需求，民航学院设有“交通运输”和“飞行技术”两个本科大类专业。在“交通运输”专业下，分别设有空中交通管理与签派、民航运输管理、民航机务工程、民航电子电气工程四个本科专业方向。空中交通管理与签派专业方向培养从事塔台管制、进近管制、区域管制等各级航行管制及飞行签派、飞行情报工作的高级工程技术与管理人才；民航运输管理专业方向为航空公司、机场和民航科研与管理部门培养航空运输生产运行管理、规划、市场营销与经济管理等方面的高级管理人才；民航机务工程专业方向培养具有民用飞机使用、维修与管理能力的综合型高级工程技术人才；民航电子电气工程专业方向培养能在民航以及其他部门从事民航电子电气仪器及设备的设计、应用和维修管理工作的高级工程技术人才。学生通过系统的学习和工程训练，具备扎实的专业基础理论知识和应用技术，注重全面素质和创新能力的培养，专业特色鲜明，毕业生适应性强，综合素质高，受到民航企事业单位、科研院所等用人单位的普遍好评。建院以来，已为我国民航系统输送了多名本科生、150多名研究生，在职培训学员3000余人，分布于各大航空公司、维修基地、民航管理局、民航空管局、机场及其它民航企事业单位，在航空运输的组织、生产、管理等领域，为中国民航事业做出了贡献，在各自的岗位上发挥着积极作用。
民航学院拥有配套齐全的专业实验室。建有近4000平方米的民航工程中心，引进了1架运七飞机、7台民航发动机及价值1600多万元的航材，建有4800平方米的停机坪用于飞机整机教学和实践。拥有民航工程实习基地、民航机务工程实验室、民航电子与通信实验室、空中交通综合管理实验室、民航运输管理实验室、飞行模拟实验室等专业技能培训综合试验室。各专业实验室配备了先进的实验设备，为培养学生的实践和创新能力提供了物质保障。
为适应我国民航大发展的需求，2002年经教育部批准，在民航学院飞行技术专业基础上，南航大与上海航空公司联合成立了南航大飞行学院，以“思想好、作风硬、纪律严、技术精、素质高、质量优”为培养目标，为航空公司培养具有本科学历的飞行员。飞行学院招生规模从2002年的60名增加到2005年的243名。至2005年，委托学院培养飞行员的有东航、国航等五家航空公司，在籍飞行学员已达572人。
飞行学院采用航空公司订单式培养模式，保证每一位合格的飞行学员毕业后在航空公司就业。学员的大学前三年在校本部进行飞行专业基础理论知识学习和基本技能训练，第四学年派送到国外飞行学校进行为期一年的飞行训练，并取得中国民航总局认可的符合多发仪表等级要求的国外商业飞行员驾驶执照。学业成绩合格者取得我校本科毕业证书和学士学位证书，毕业后在签约航空公司从事飞行工作。
学院对飞行学员实行准军事化管理，培养质量不断提高，不仅得到国内航空公司的高度认可，而且受到了国外航校的高度评价，认为南航大的飞行学员“成熟稳重，训练有素，纪律严明，是各个国家派送的学员中最优秀的”。